《火焰纹章：万缕千丝》共设计了四位主角，每位主角都有一条独立的故事线。若选择其中一位主角走完其冒险旅程并观看结局字幕，大约需要50小时。而若要体验全部四条故事线并完成游戏第三部分，所需时间至少超过100小时。
单条主角路线的时长超过了《火焰纹章：风花雪月》，与《火焰纹章：结合》基本持平。当然，实际通关时间还会因难度选择和战斗方式而有所浮动。
新游戏开始时，玩家可选择普通或困难难度，流程中允许调低难度，但无法再调高。困难模式会增多并强化敌方单位，同时玩家在回溯时间时需要消耗“天界之沙”，战斗过程也需要更多时间去思考。
四位主角的剧情各不相同，每条故事线所涉及的内容也有差异。要想完整观看四条故事线，玩家至少需要完成各主角的剧情，并推进到游戏第三部分。
游戏第二部分的内容不会因主角不同而改变，在进入第三部分之前可以选择跳过。跳过该部分不会错过剧情，但获得的经验值会减少；如果每一轮都完整游玩以积累更多经验，总游戏时间可能达到约200小时。